根据《400总吨以下内河船舶水污染防治管理办法》（交海规〔2020〕10号）第二十六条的规定：
  已完成承担行政职能的事业单位改革的，由交通运输主管部门承担本办法中海事管理机构的相关行政执法职能；已完成综合行政执法改革的，由交通运输综合行政执法机构承担海事管理机构的相关行政执法职能。
　　要点：承担海事管理机构的行政执法职能的部门