一、办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担意识形态、宣传、信息、保密、政务公开、后勤服务、公务用车管理、安全生产、保卫、计划生育、退休人员及工青妇等工作。承担重要文稿的起草和审核，统筹协调审计机关的调研工作。负责局党务、党风廉政建设、党组中心组理论学习和领导班子民主生活会、重大事项报告等具体事项。负责机关和下属事业单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训等工作。负责审计专业技术考评、审计人员职业化建设等工作。负责乡村振兴和联系省厅乡村振兴驻镇帮镇扶村工作队相关工作。
二、综合计划财务科
承担全市审计机关审计项目计划统筹，负责拟订全市统一组织的审计项目计划、审计工作的规划和局年度审计项目计划，审核县（区）审计局审计项目计划，督促检查全市审计项目计划实施情况。牵头起草审计工作报告、年度工作总结、审计年鉴等业务文书。承担全市审计机关审计业务统计和分析、被审计单位资料库的建设等工作。承担审计成果的综合开发利用和向社会公告审计结果。负责组织局机关经费和下属事业单位预算决算草案编制，开展会计核算工作，建立健全财务、资产管理制度，办理经费的划拨。统筹协调经费筹措、使用和管理。负责采购和资产的管理、使用、维护、监督工作。对县（区）审计局的财务活动和资产进行监督和管理。
三、法规审理科
负责起草有关规范性文件草案及制度、审计指南。审理有关审计业务事项，审核审计报告、审计决定、移送处理书等文书，监督审计执法行为。承担审计质量监督、检查和指导工作，依法纠正或责成纠正县（区）审计机关违反国家和省规定作出的审计决定。负责县（区）审计机关提出的本级预算执行情况和其他财政收支情况的审计工作报告备案工作。承担内部审计的指导监督工作，组织核查社会审计机构对依法属于市审计局审计监督对象的单位出具的相关审计报告。组织对局机关预算执行情况、决算草案和其他财政收支的审计。承担有关行政复议和行政应诉等工作。开展法规咨询、合同管理，组织实施全市审计机关的法治建设、依法行政、普法宣传教育等工作。负责审计刊物征订和组织发行，开展审计宣传。组织审计业务培训。负责市人大建议、市政协提案的办理。负责特约审计员的聘任、联系和管理工作。
四、整改监督科
综合协调审计结果整改落实情况。依法检查审计决定执行情况，督促纠正和处理审计发现的问题。负责起草向市政府、市人大报送的关于审计工作报告中指出问题的整改情况报告。负责查办全市审计系统违纪案件、纠正行业不正之风，受理信访和审计人员廉政方面的举报、申诉，负责向同级纪检监察部门报告工作。
五、电子数据审计科
组织开展审计业务电子数据的采集、整理、验收和综合分析利用工作。组织协调、指导推进大数据审计和在线联网审计。组织对有关部门和国有企事业单位网络安全、电子政务工程和信息化项目以及信息系统的审计。负责局机关金审工程、内部网络、会商系统、计算机设备和系统建设、管理、维护以及网络安全等工作。
六、经济责任审计科
组织开展经济责任审计工作。承担全市经济责任审计工作的协调、管理和业务指导工作。承担市经济责任审计联席会议及其办公室有关工作。
七、财政金融审计科
组织审计市级财政预算执行和其他财政收支情况，组织审计县（区）政府（管委会）预算执行、决算草案及其他财政收支情况和市财政转移支付资金。组织审计市属国有金融机构、市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位金融机构和上级审计机关授权的中央、省属国有金融机构及所属的非金融企业的资产、负债和损益情况。组织审计有关重大政策措施和宏观调控部署贯彻落实情况。组织审计国际组织和外国政府贷款、援助项目的财务收支。组织审计全市政府债务、隐性债务和其他相关债务。
八、行政事业审计科
组织审计市直行政、政法部门及市直事业单位、社会团体的预算执行情况、决算草案。组织审计市直相关单位管理的行政、政法、教科文卫体等专项资金。组织对上级审计机关授权的法院、检察院系统相关事项的审计。
九、农业农村审计科
组织审计农业农村、扶贫开发、乡村振兴以及其他相关公共资金和建设项目。指导和监督农村集体经济审计工作。
十、资源环保审计科
组织开展领导干部自然资源资产离任审计以及自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况审计。组织审计市直相关部门及直属单位、县（区）政府（管委会）管理的资源能源和生态环境保护等专项资金。
十一、固定资产投资审计科
组织审计市政府投资和以市政府投资为主的建设项目以及其他关系到国家利益和公共利益的市属重大公共工程项目。组织审计国际组织和外国政府贷款、援助项目的财务收支。
十二、企业审计科
组织审计市属国有企业和市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益，组织审计市驻外非经营性机构的财务收支，依法通过适当方式组织审计市属国有企业的境外投资、运营和管理情况。
十三、社会保障审计科
组织审计市政府相关部门、县（区）政府（管委会）管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支。
